Этому может быть несколько объяснений. Когда вы начали усиленно менять воду и чистить аквариум, у рыб мог начаться стресс. Затем грибок который был на плавниках, мог попасть на жабры (посмотрите на жабры, если они стали слегка оттопыренными и немного покраснели, значит грибок поселился на них).
А потом я не считаю, что частое копание в грунте и такая огромная подмена воды так полезна аквариуму. В аквариуме должен устояться биобаланс.
А потом, действительно золотых рыбок лучше держать отдельно от других, т.к. у них нежные плавники, а другие рыбы могут нет-нет, да и пощипывать их. На этих ранках образуется грибок.