Иногда со щенами так бывает, когда у заводчика в гнезде редко менялась подстилка и младенец привык спать там, где писает. Но у щенков, нормально выращенных, это тоже бывает. Коррекции поддается тяжело. Действенен только способ, уже подсказанный Вам - убрать все подстилки. Жалко, конечно, младенца. Но, если не убрать, проблема может остаться навсегда.