В зоомагазинах или птичих рынках продается такая вещь, очень не обходимая в хозяйстве аквариумиста, называется сифон и служит для удаления какашек с грунта
Воронку опускаете в аквариум и сжимая грушу накачиваете воду, которая будет сливаться в ведро, при этом водите воронкой по дну, чуть рыхля гравий и мусор засасывает в воронку. Вы одновременно и дно чистите и воду сливаете.
Мочалку от фильтра мыть надо(желательно)в аквариумной слитой воде один раз в неделю при обычной уборке аквариума, и еще попробуйте не одевать стакан на мочалку, просто одеваете мочалку на штырек(или как там он называется) и всё, фильтр будет работать в обычном режиме , да и чистить его по проще будет.