Eliot, а может не мудрить, а спросить у специалистов на счёт проблемы? Есть же специальные порталы, где ветеринары помогают решить проблемы со здоровьем. Я вот со своей белкой и его линькой замучила многих врачей, за то теперь сплю спокойно и не дёргаюсь.
Белка конечно не бурундук, хотя очень близкий родственник
Помню как однажды мой тоже вдруг раз и полинял в одном месте. Сразу же убрала все жирные продукты из рациона (сыр, орехи). Оказалось, что это просто половое созревание так прошло и через месяц все лысые места благополучно обросли шерстью.
Не забывайте, что у вас дома тепло, а это не типично для организма таких зверьков как бурундук и белка. Переселите зверя на балкон или по чаще проветривайте помещение и по идее всё должно исправиться.